慈恩寺可以指：

• 中华人民共和国
  • 大慈恩寺：位于陕西省西安市，汉族地区佛教全国重点寺院，法相宗祖庭。
  • 慈恩寺 (沈阳市)：位于辽宁省沈阳市沈河区，汉族地区佛教全国重点寺院，辽宁省文物保护单位。
  • 慈恩寺 (北京市)，位于北京市海淀区，海淀区文物保护单位。
  • 柴王慈恩寺，位于山西省临汾市襄汾县，襄汾县文物保护单位。
  • 刘家垣慈恩寺，位于山西省临汾市洪洞县，洪洞县文物保护单位。
  • 慈恩寺 (保山市)，位于云南省保山市隆阳区，隆阳区文物保护单位。
  • 圣湫山慈恩寺，位于甘肃省天水市麦积区，麦积区文物保护单位。
  • 慈恩寺 (文县)，位于甘肃省陇南市文县，文县文物保护单位。
• 日本
  • 慈恩寺 (埼玉市)：位于日本埼玉县埼玉市，供奉玄奘法师顶骨。