丘云肇（？—？），号似林，山东青州府诸城县人，明朝政治人物。

云肇为丘橓继子，万历十六年（1588年）中戊子科山东乡试第二十名举人，二十六年（1598年）戊戌科进士，殿试三甲七十五名^[1]。户部观政，初授东明县知县，二十八年补四川某知县，二十九年降河南按察司知事，三十年升安定县知县，三十四年陕西同考，升南京大理寺评事，三十六年补北评事，三十七年任贵州乡试主考，三十八年升户部云南司主事，三十九年管大通桥，历升员外、郎中，四十年七月升庐州府知府^[2]。四十四年考察，四十六年降补长芦运同，次年拾遗去职。善书法，工诗。

曾祖丘玘。祖父丘让。生父丘桴。继父丘橓，嘉靖二十九年进士，官至南京吏部尚书。兄丘云章，字伯卿，嘉靖四十年山东乡试第三名，四十四年进士，官深州知州。

一幼子短折，遂绝嗣，后七十余年外孙李澄中始出田宅，以丘性善为之曾孙。性善字近思，本生祖父丘志广，康熙四十四年举人，官南宫知县^[3]。