方允昌（？—？），字全之，号澹菴，浙江绍兴府诸暨县人，明末清初政治人物。同进士出身。

天启四年（1624年）甲子科顺天府乡试第九十一名举人，崇祯七年（1634年），登甲戌科进士，都察院观政，十月授四川成都知县，十五年考选，补刑部四川司主事^[1]。京师陷落，投降顺军，任户政府从事，与制将军白邦政以兵二千索饷至淮上，见明军守御甚严，退屯宿迁。之后逃回家乡。

十七年（1644年）五月福王立于南京，处置投顺官员，列第二等应斩秋决者：刑科给事中光时亨，河南提学佥事巩焴，庶吉士周锺，兵部主事方允昌四人。^[2]

曾祖方密，庠生；祖方思敬；父方晓，庠生。